北京航空航天大学医院是在北京市卫生局登记注册的正式名称，对内俗称校医院，是1959年2月由原来的卫生科扩建为医院的。1988年由北京市卫生局（88）京卫医字第958号文件批准为高校系统区级医院。1996年由北京市卫生局核发《医疗机构执业许可证》。1999年由海淀区卫生局批准为一级甲等医院。2000年10月由北京市劳动和社会保障局、北京市卫生局批准为医疗保险改革首批定点医院（北京市政府文件公布的医疗保险改革首批定点医院中，高校校医院中只有北京大学校医院和北航校医院两家）。2001年由北京市卫生局批准为北航社区卫生服务中心。2001年在首都创建文明行业活动中被评为《规范化服务达标》医院。同年还由北京市卫生局批准为非政府办非盈利性医院。至此，校医院已具备所有应该有的标牌，为今后全校师生员工及居民医疗卫生服务工作奠定了良好基础。

医院位于大学院内西南侧，占地10000平方米，主要建筑为“工”字形二层结构，前楼主要用作门诊，后楼主要用作病房，医院全部建筑面积3400多平方米。设有床位60张，共有固定资产原值810多万元，其中器材设备原值340多万元。流动资金120万元。现有正式在编职工65人。其中有卫生系列专业技术职称的61人，占94%。具有高级职称者18人（副医师医师17人；副医师药师1人）；中级职称36人（主治医师8人；主管护师15人；主管技师4人；主管药师5人；主管麻醉师1人）；医师2人；护师6人。医院编制七个科：分内科、外科、预防保健及计划生育办公室、护理部、药剂科、辅助科、办公室。共有正副科医师10人。还有中医、儿科、妇科、五官、口腔、针灸理疗、急诊室、放射科、B超室、心电图室、化验室、生化室、供应室、手术室、换药室等。护理部分为注射室、静脉点滴室、换药室、供应室、手术室；办公室下设挂号室、会计室、收费室、污水处理站、洗衣房、太平间等工作室。门诊还设有急诊值班室，每天24小时有医师和护士轮流值班及随时出诊，上门为急诊患者服务。

北京航空航天大学校医院还设有社区服务部，派出全科医师及护师开展社区服务工作，建立家庭病床，上门出诊、输液等为居民服务。医院还设有住院病房，分内科病房，外科病房。可收治内、外科常见病患者。医院实行医师负责制，现有正、副医师三人。